杀菌锅内部会产生出一种成分为钙镁离子碱性的水垢，其能够通过使用酸性的物质对其进行去除，但一些酸会对设备产生腐蚀。因此，一般都是使用清洁剂或除垢剂来对设备进行清洁，其对于金属具有较低的腐蚀性，所以拥有较为良好的除垢效果。
杀菌锅锅体内部的油量较少时，能够直接的使用酸性的洗涤剂来对设备进行清洗。可以使用1%-2%含量的烧减在温度为75-80摄氏度的环境下进行半个小时左右的循环，然后在使用大量清水进行循环清洗，就可以对杀菌锅清洗干净。也可以选择使用1%-3%的草酸在80-85摄氏度的温度下进行一个小时左右的环流，然后再使用清水对设备不断的进行循环。